Bardzo ważny, chociaż zbyt krótki, etap w działalności Gdańskiego Gimnazjum Akademickiego obejmowały lata 1602−1609, kiedy wykładał wybitny humanista Bartłomiej Keckermann, faktyczny twórca dalszych przekształceń placówki na gimnazjum akademickie o europejskich aspiracjach i poziomie. Świetny rozwój szkoły w tych latach i uzyskany rozgłos były przede wszystkim rezultatem rozkwitu idei kształcenia na wyższym szczeblu oraz na podbudowie filozofii, języków klasycznych, nowożytnych i orientalnych, przy równoczesnym wsparciu nauk ścisłych i przyrodniczych  oraz z pewnym ograniczeniem znaczenia teologii.

Gdańskie Gimnazjum Akademickie posiadało cztery sale wykładowe. Słuchacze zamieszkiwali w sześciu pomieszczeniach klasztornych na parterze, a po przebudowie w 1604 roku podobne miejsca zyskali w dawnych celach zakonnych na piętrze. Części młodzieży zapewniano darmowe noclegi i do schyłku XVII wieku utrzymanie, co było bardzo istotne, gdyż słuchacze spoza Gdańska stanowili do 65% ogółu, a liczba uczniów około 1650 roku dochodziła do 500 (zwykle w wieku od 12 do 19 lat).

Osiągnięcia naukowe profesorów propagowano podczas publicznych dysput i egzaminów końcowych, publikowano po łacinie i nieraz zyskiwały one rozgłos, autorzy zostawali zaś członkami międzynarodowych stowarzyszeń naukowych. W XVII wieku Gdańskie Gimnazjum Akademickie, obok toruńskiego, stało się dzięki wynikom badań naukowych prowadzonych przez profesorów i sukcesom dydaktycznym jedną z najlepszych szkół w Rzeczypospolitej, której absolwentów przyjmowano na starsze lata uniwersytetów zagranicznych. Natomiast dorobek wielu uczonych wszedł na trwałe do dziejów nauki europejskiej, a nawet światowej. Wychowankiem gdańskiego gimnazjum był wybitny astronom Jan Heweliusz (1611−1687).

Gdańskie Gimnazjum Akademickie działało do 10 listopada 1817 roku.

Źródło: Lech Mokrzecki, Gdańskie Gimnazjum Akademickie – zarys dziejów, w: Gdańskie Gimnazjum Akademickie, pod red. E. Kotarskiego, Gdańsk 2008, t. 1.