
UMK tworzy 16 wydziałów: Biologii i Nauk o Ziemi; Chemii; Filologiczny; Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej; Humanistyczny; Matematyki i Informatyki; Nauk Ekonomicznych i Zarządzania; Nauk Historycznych; Nauk Pedagogicznych; Politologii i Studiów Międzynarodowych; Prawa i Administracji; Sztuk Pięknych; Teologiczny i trzy wydziały Collegium Medicum w Bydgoszczy: Lekarski, Farmaceutyczny oraz Nauk o Zdrowiu. Dwanaście wydziałów posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora, a jedenaście – doktora habilitowanego.
Oprócz wydziałów, w działalności dydaktycznej, naukowo-badawczej i organizacyjnej UMK uczestniczą jednostki międzywydziałowe i ogólnouczelniane, centra ogólnouniwersyteckie i zespoły interdyscyplinarne. O właściwe funkcjonowanie struktury informatycznej Uniwersytetu dba Uczelniane Centrum Informatyczne.
Na UMK pracuje 4450 osób, w tym ponad 2246 nauczycieli akademickich, wśród których jest 630 profesorów i doktorów habilitowanych, 1100 doktorów oraz 520 magistrów i lekarzy.
Z bogatej oferty UMK korzysta obecnie około 33 tysięcy studentów, którzy kształcą się na 70 kierunkach studiów, ponad 100 specjalnościach, i ponad 60 kierunkach studiów podyplomowych. Rokrocznie na UMK rozpoczyna studia ok. 10 tysięcy osób (na studiach I i II stopnia oraz jednolitych studiach magisterskich), a liczba absolwentów od początku funkcjonowania Uczelni przekroczyła już 100 tysięcy. Właśnie dla nich Uczelnia stworzyła szeroką ofertę Programu „Absolwent UMK”, którego celem jest podtrzymywanie i umacnianie więzi wychowanków UMK ze środowiskiem uniwersyteckim. Studenci mają do wyboru m. in. unikalne w skali kraju studia artystyczne, konserwatorskie, medyczne, inżynierskie oraz międzywydziałowe interdyscyplinarne studia humanistyczne.
Wybitnie uzdolniona młodzież z całej Polski może kształcić się w prowadzonym przez Uczelnię w Toruniu publicznym Zespole Szkół Uniwersytetu Mikołaja Kopernika „Gimnazjum i Liceum Akademickie”. W 2008 roku GiLA obchodziło dziesięciolecie swojej działalności.
UMK posiada nowoczesną bazę badawczą. Prace prowadzone są w obiektach własnych w Toruniu i Bydgoszczy oraz w innych ośrodkach w kraju, a także za granicą, np. w Getyndze czy na Spitsbergenie. Do dyspozycji astronomów jest 32-metrowy radioteleskop w Toruniu, trzeci pod względem wielkości w Europie, oraz teleskop SALT - największy na półkuli południowej teleskop optyczny, znajdujący się w Republice Południowej Afryki.
Potwierdzeniem wysokiej rangi naukowej Uczelni jest utworzenie w jej strukturze Krajowego Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej (FAMO), umożliwiającego polskim fizykom prowadzenie badań na światowym poziomie. W murach Uniwersytetu odbywają się kilkutygodniowe lub całoroczne kursy języka i kultury polskiej dla obcokrajowców studiujących lub pracujących na UMK oraz osób zainteresowanych nauką języka polskiego. UMK wraz z Urzędem Miasta Torunia i Towarzystwem Naukowym w Toruniu organizuje Toruński Festiwal Nauki i Sztuki.
Uczelniane budynki usytuowane są w centralnej części miasta i w miasteczku akademickim na toruńskich Bielanach. Po włączeniu do UMK bydgoskiej Akademii Medycznej im. Ludwika Rydygiera w skład infrastruktury Uniwersytetu weszły wszystkie jej budynki. Częścią Uczelni są m.in. dwa bydgoskie szpitale: Szpital Uniwersytecki nr 1 im. dr. A. Jurasza oraz Szpital Uniwersytecki Nr 2 im. dr. Jana Biziela. Wciąż następuje dynamiczny rozwój infrastruktury Uczelni – w ostatnich latach powstał nowy budynek Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, siedziba Wydziału Farmaceutycznego, a także nowa część Wydziału Matematyki i Informatyki. Rozbudowane będzie również miasteczko uniwersyteckie na Bielanach – w 2011 r. stanie tu Collegium Humanisticum.